Photorec sollte auf low level Ebene suchen, sprich: es nimmt die HDD im "raw" mode auseinander, liest wohl sequentiell bis es auf magic strings trifft (header) und zieht das bis zu einem end of file raus. Fragmentierte Sachen sind da natürlich oft weniger gut dabei. Daher sollte für den low level Teil das FS an sich egal sein, es sei denn es fragmentiert irgendwie stark.
Würde ich als Laie mal so sagen.