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Mo, 1. Januar 2001, 00:00

TUX&GNU@school - Ausgabe 4

Die Kolumne TUX&GNU@school berichtet monatlich jeweils über ein Stück freie Lernsoftware, eine Homepage zum Thema und eine leicht umzusetzende Idee.

Die Kolumne TUX&GNU@school [2] berichtet monatlich jeweils über ein Stück freie Lernsoftware, eine Homepage zum Thema und eine leicht umzusetzende Idee. Diesen Monat geht es um Ghemical [3], Moleküle modellieren und berechnen, um seul.org/edu [4], dem Education-Portal von SEUL - Simple End-User Linux und um die Idee "Wörter-Spiele schnell generiert".

Herzlich willkommen nach einer langen Sommerpause zur vierten Ausgabe von TUX&GNU@school. Wir wollen nicht lange Zeit verlieren und darum gleich weiter zum einem allseits beliebten Thema: der Chemie.

Ghemical - Moleküle modellieren und berechnen

Bei Ghemical [3] handelt es sich um ein freies Chemie-Programm, mit welchem man recht einfach Moleküle erstellen und berechnen kann. Getestet habe ich die Version 0.82 unter Debian GNU/Linux 3.0 [8] und KDE 2.2.2 [9]. Unter Debian ist das Programm ganz einfach mit dem Befehl apt-get install ghemical zu installieren. Aktuell ist die Version 0.90 und wenn man der Homepage glauben kann, soll noch diesen Sommer (das wird knapp) oder Herbst die Version 1.0 erscheinen. Entwickelt wird (und wurde) das Programm von mehreren Leuten, die allesamt alphabetisch auf der Homepage aufgelistet sind.

Ghemical auf Aspirin

Mario Fux

Ghemical auf Aspirin

Bevor ich mit der eigentlichen Vorstellung von Ghemical beginne, möchte ich noch Folgendes erwähnen: Mein letzter Chemie-Lehrer hat mir leider derart den Spass an Chemie vermiest, dass ich viele Fachbegriffe nicht korrekt interpretieren kann. Wer sich allerdings verstärkt mit dem Fach beschäftigt, wird dies sicher besser verstehen. Ich werde darum auch nicht vertieft auf spezielle Begriffe und Funktionen eingehen.

Startet man das Programm, erscheint die zu Abbildung 1 ähnliche Hauptseite. Von hier aus bestimmt man, welcher Art das zu erstellende oder erarbeitende Projekt sein soll. Verfügbar sind bisher quantenmechanische oder molekularmechanische Modelle und reduzierte Protein-Modelle, wobei das letztere noch nicht vollständig implementiert ist. Beim Starten ist es bisher am sinnvollsten Ghemical aus der Konsole zu starten, da es nach wie vor nötig ist, einige Ausgaben oder Eingaben über die Konsole zu machen. Dies sollte sich aber bis zur Version 1.0 erübrigen. Beim Arbeiten mit dem Programm sind die Menüleiste und das PopUp-Menü die wichtigsten Hilfsmittel. In der Menüleiste gibt es die drei Punkte Datei, Fenster und Hilfe. In dieser Stelle ist zu bemerken, dass das Programm nicht wirklich auf deutsch übersetzt ist. Es erscheinen nur vereinzelt Begriffe; Wörter oder Beschreibungen in deutscher Sprache. Im Menüpunkt Datei kann man neue Projekte öffnen, bereits existierende laden oder das Programm beenden. Unter Fenster ist es möglich, zwischen den folgenden drei MDI-Modi zu wählen: Notebook, Toplevel und Modal. Und schliesslich im letzten Punkt Hilfe findet man generelle Informationen zu Ghemical oder einen Link zur Dokumentation.

Van der Waals Darstellung der Acetylsalicylsäure

Mario Fux

Van der Waals Darstellung der Acetylsalicylsäure

Hat man sich dann für ein Projekt entschieden, stehen einem am linken Rand zahlreiche Modifikationsmöglichkeiten zur Verfügung. Diese gehen von verschiedenen Rotations- und Translationsrichtungen, über das Zoomen bis natürlich zum Löschen und Hinzufügen von Atomen oder Bindungen. Klickt man mit der rechten Maustaste ins Anzeigefenster für die Moleküle, so erscheint ein PopUp-Menü, das je nach gewähltem Projekt verschiedene Einträge hat. Zu nennen sind z.B. die verschiedenen Darstellungsmöglichkeiten. Weiter können die einzelnen Atome verschieden indiziert werden. Sicher auch interessant ist es, dass die Moleküle verschieden dargestellt werden können, u.a. ist auch eine Ansicht für 3D-Brillen eingebaut. In diesem PopUp-Menü sind dann aber auch die grundlegenden Funktionen zum Speichern und Schliessen von Projekten enthalten. Auch das Auswählen verschiedener Elemente und Bindungen ist hier auffindbar. Neben diesen einfacheren Funktionen sind aber auch komplexere ausführbar. Wo beim korrekten Hinzufügen von Wasserstoff-Atomen wohl noch die meisten LeserInnen mitkommen, wird es dann bei Menüpunkten wie "ESP-colored vdW-surface" nicht nur für den Autoren unverständlich. Bei diesen Punkten wird sich dann der geneigte Benutzer und die Chemie-Doktorandin sicher besser zurecht finden. Grundsätzlich gibt es einfach eine Vielzahl von verschiedenen Engines und Algorithmen zum Studium und der Veränderung von Molekülen. Diese scheinen für mein Laienauge durchaus sehr professionell. Die Möglichkeit DNS-Molekülstränge aus der beliebigen Eingabe von "ACGT-Code" zu genereren, fand ich jedenfalls durchaus bemerkenswert.

Zum Schluss noch einige Tipps (hauptsächlich von der Homepage [3]), die einem beim täglichen Gebrauch behilflich sein können.

  1. Um ein quantenmechanisches Modell zu erzeugen, ist es grundsätzlich sinnvoller, zuerst ein molekularmechanisches zu schaffen, welches man dann in ein quantenmechanisches umwandeln kann.
  2. Sämtliche Menüleisten sind frei verschiebbar und auch ausserhalb des Hauptfensters platzierbar.
  3. Für molekularmechanische Modelle stehen unzählige Import- und Export-Formate zu Verfügung.
  4. Ist man gezwungen, an seinem Arbeitsplatz noch Windows einzusetzten, so findet man auf der Webseite eine ausführliche Beschreibung [10] zum Einsatz von Ghemical unter Windows.

Wer sich jetzt zum Schluss dieser Kurzbeschreibung noch fragt, wie man denn "Ghemical" überhaupt ausspricht, sei auf die Aussage eines der Autoren verwiesen, die meint, dass dies grundsätzlich jedem und jeder einzelnen überlassen sei, der "G" allerdings von "GNU" und "GNOME" käme.

Nun aber weiter zum Zuhause vom Simple End-User Linux.

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