gpgdir ist ein Perl-Skript, das das CPAN-GnuPG-Modul verwendet, um Verzeichnisse zu ver- und entschlüsseln. Der GPG-Schlüssel wird in ~/.gpgdirrc hinterlegt. Es unterstützt das rekursive Absteigen in Unterverzeichnisse, um sicherzustellen, daß jede Datei erfaßt wird. Alle Änderungs- und Zugriffszeiten der Dateien bleiben erhalten. gpgdir verschlüsselt versteckte Dateien und Verzeichnisse aber nicht.