Es existieren viele Anwendungen, die über I2P laufen, unter anderem E-Mail, P2P und IRC. Die Anonymität ist nicht absolut, aber Angriffe auf das Netz sollen erschwert werden. I2P an sich kann man als »Mixnetzwerk mit geringer Latenz« bezeichnen, und es gibt Grenzen für die Anonymität, die ein solches System bieten kann. Jedoch versuchen die darauf aufbauenden Applikationen wie Syndie, die beiden E-Mail-Systeme in I2P und I2PSnark, es zu erweitern, um mehr Funktionalität und Sicherheit zu bieten.