Freedup verwendet Dateisystem-Links, um duplizierte Dateien zu eliminieren und so den benötigten Festplattenplatz in einem oder mehreren Dateisystemen zu reduzieren. Freedup durchsucht alle angegebenen Verzeichnisbäume nach identischen Dateien und verlinkt sie auf dem am meisten referenzierten Inode oder auf den Inode im ersten Verzeichnisbaum. Wenn die Verzeichnisse auf unterschiedlichen Geräten liegen, wird anstelle eines Hardlinks ein symbolischer Link verwendet. Symbolische Links ersetzen keine Dateien, wenn mindestens einer der Verzeichnisbäume nicht mit einem »/« beginnt, außer wenn die Option -s angegeben wird. (non)