Fqutils stellt eine Sammlung von einfachen Kommandozeilenprogrammen für die Bioinformatik zum Arbeiten mit Sequenzdaten im FASTQ-Format bereit. Es ergänzt das Fastx-Toolkit von Greg Hannon. Fqutils kann das vollständige FASTQ-Format handhaben, so wie es standardisiert wurde, insbesondere kann es mehrzeilige Sequenz- und Qualitäts-Informationen pro Datensatz verarbeiten. Fqutils ist besonders für die ersten Teile von Nachbearbeitungs-Pipelines und Qualitätbewertungs-Prozessen gedacht. (non)