Ja das mit den transparenten Fenstern und dem Einsliden ist wirklich cool bei E. Das waren auch die Dinge, die mich am meisten interessiert haben.
Letztendlich ist es dann aber doch zu langsam. Transparente Fenster... wennschon richtig. Xfree wird das ja vielleicht IRGENDWANN MAL auch unterstuetzen... 
Der E Trick ist irgendwie billig. Da wird offensichtlich der Desktop kopiert und dann als Grafik nochmal dazwischen angezeigt. Natuerlich ist das langsam... Was die Themes angeht, da hast du schon recht. Hier sind vermutlich eh beide in etwa gleich stark. Der E Pager ist sehr geil... sowas will ich auch fuer Gnome. 
Das waere auch fuer mich eher ein Grund, E einzusetzen.
Auf eine Konfiguration "per Hand" habe ich aber erstmal keine Lust, wenn es dafuer ein bequemes Konfigtool gibt, kannst du ja nochmal Bescheid sagen.
Ximian mit Sawfish ist einfach zu schoen.
Nautilus Geschwindigkeit: 4 Sekunden? Solange braucht der bei mir nichtmal fuer die groessten Ordner die ich finden konnte. Und die verwende ich als Benutzer nie. Mit Nautilus verwalte ich eh nur Benutzerdateien, alles andere mache ich auf der Bash, die ist da flexibler (su z.B.). Da ich es tunlichst vermeide zu grosse Ordner anzulegen, habe ich damit keine Probleme. Kleine Ordner werden fast ohne Verzoegerung dargestellt. Den Throbber rechts oben finde ich sinnvoll. Manche Dateien koennten ja nunmal etwas laenger dauern! Ausserdem sieht es cool aus.
Wenn dir Nautilus zu langsam ist, kannst du gerne GMC weiterverwenden. Dafuer gibt es ihn ja noch. Fuer mich wiegt die gesteigerte Funktionalitaet von Nautilus den Geschwindigkeitsunterschied aber um laengen auf. Vor allem das Konstante Drag and Drop gefaellt mir gut und dass sich fast alles so verhaellt, wie ich es erwarte. Man merkt deutlich, wieviel Zeit Eazel in die Benutzerfuehrung steckt.