Bis auf in /etc/fonts/ lässt sich alles ohne weitere Rechte einstellen und zur not kann man auch in die .fonts.conf schreiben. Die .Xdefaults lässt sich mit "xrdb.Xdefaults" zur Laufzeit neu laden und .gtkrc wird automatisch beim Programmstart eingelesen.

Gut, wenn man mehr als nur das Theme und die Fontgröße einstellen will mag das etwas mehr Arbeit sein aber über .fonts.conf/.Xdefaults ist es dann auch Systemweit und nicht nur für GTK.