MySQL besitzt mehrere Engines, u.A. MyISAM (als Nachfolger von ISAM), InnoDB, HEAP, Merge und wohl noch einige andere mehr und eben Berkeley DB, jede davon hat bestimmte Vor- und Nachteile, die je nach Verwendungszweck unterschiedlich stark ins Gewicht fallen.

Am meisten wird wohl MyISAM verwendet, dann sicher InnoDB und hier und da HEAP (im LAMP Umfeld z.B. gerne für Session Tabellen)