Wir sprechen hier von einem Umfeld das dem Webhosting-Betrieb ähnlich ist, Kundenwebs werden auch nicht aus RPMs installiert

Vielmehr ergibt sich hier das Problem der PHP/Apache Konfiguration: Zu restriktiv - nichts geht mehr. Zu offen - es geht leider auch so mancher Hack. Machst du es so restriktiv wie der 0815-Massenwebhoster von nebenan, meckern aber die User, denn es sind ja eigentlich keine Fremden sondern Debian-Entwickler.