Warum?
- Die fertige Produkt funktioniert mit dem normalen Javaplugin (also der normalen JRE)
- Damit lassen sich einfach Ergebnisse realisieren (wie bei Flash)
- Java steht unter der GPL und JavaFX wird ebenfalls frei

Für alles weitere:
http://www.pro-linux.de/news/2008/13000.html