Ich vermute mal du hast den Teiber am Packetmanagement vorbei installiert, dann bist du doch auch sicher fähig vor dem recompilieren des Kernelmodules die xorg.conf selbst zu löschen, falls dies erforderlich ist, bei mir war es jedenfalls noch nicht nötig dies zu tun trotz vieler Kernelupdates und einiger X11-updates (hab die Treiber (sowohl Nvidia als auch Ati) aber auch über den Debian non-free Bereich installiert (mich würde es jedoch sehr stören wenn meine angepasste xorg.conf einfach gelöscht würde)