Grundsätzlich ist es in meinen Augen eine gute Idee den Anwendern (nicht der Desktop etc.) die Möglichkeit zu geben neuere Versionen der von ihnen verwendeten Anwendungen einfach zu installieren. Einzig und allein die Idee das mit den bestehenden Paketsystem zu vermischen sehe ich als problematisch.

Besser wäre es wohl neben den vorhandenen System ein eigenes Paketsystem zu schaffen das dann nach /opt/... installiert. Optimal wäre es wenn es ein distributionsübergreifendes System wäre. Dort könnte man dann so es benötigt wird auch neuere Bibliotheken installieren ohne das der Rest des Systems davon betroffen wäre. Auch könnte man dort ein Sicherheitssystem einführen das dafür sorgt das diese neue Software keinen Schaden im System anrichten kann. Das wiederum wäre auch gut um neue Software (auch Entwicklerversionen) zu testen.