z.B. mit Rechtsklick auf die Bookmarkleiste -> Add Folder ... -> wenn dann bei der nächsten Bookmark-Aktion das Popup-Menu aufgeht, das vorher angelegte Verzeichnis als Speicherort einstellen. Danach werden alle neuen Bookmarks automatisch im neuen Verzeichnis abgelegt, so lange, bis Du ein anderes einstellst.

Außerdem kann man die Bookmarks via Drag'n'Drop herumschieben und Verzeichnisse sowie Bookmarks lassen sich auch im Bookmarkmanager verwalten.