... das Problem, muss aber darauf hinweisen, dass ich nicht verstehe, warum das nicht bereits von den Päcklibauern erledigt worden ist, zumal alle Informationen vorhanden sind (1 XML-File, 1 Propertyfile, also nichts kompliziertes). Das Compilieren ist damit vollständig und automatisch ausführbar, man muss diese Infos halt richtig verwerten und den javac entsprechend anstossen. Danach erfolgt die Ausführung des eigentlichen Buildskriptes.
Im Detail:
Die Sourcepfade, der Classpath und die Projektabhängigkeiten gehen aus ".classpath" hervor. Manchmal sind die Libs extern, dann muss man eben etwas tun (herunterladen, Classpath anpassen). Wenn das Compilieren durchgelaufen ist, kann man das eigentliche Buildskript aufrufen.
Also, soooo compliziert ist das nun auch nicht. Lediglich ist das einfach nicht so vorbereitet, weil aus Eclipse halt meistens die fertigen Jars geliefert werden. Im übrigen, die Compilerargumente findet man in .settings/org.eclipse.jdt.core.prefs. Also, das ist ohne Probleme machbar, aber eher ein Problem der Integration in die Buildumgebung als eines der Javaentwickler.

Bei den C-Sourcen ist im übrigen auch nicht alles einheitlich, das ./configure ist nicht immer am gleichen Ort. Ein schönes Beispiel für die Einheitlichkeit ist z.B. bristuff.