Es muß also verhindert werden, daß Repo X einfach so, Pakete aus Repo Main überschreibt.

Ganz einfach, indem man die Reihenfolge der Repos in /etc/pacman.conf entsprechend ändert. Das erste Repo überschreibt das zweite, das zweite das dritte usw.

So funktioniert z.B. auch die Nutzung von [testing].

Wie du vielleicht schon gesehen hast, steht [testing] vor [core], [extra] und [community] und erst ganz zum Schluss kommt #[custom]. Sprich alle anderen Repos stehen ganz am Ende.

Wer natürlich nicht-vertrauenswürdige Repos in seine /etc/pacman.conf einträgt - und das muss von Hand gemacht werden -, ist selbst schuld.