So weiß beispielsweise der der Compiler erst beim Linken, ob Funktionen, die als static markiert wurden, vielleicht doch nie aufgerufen werden.

Es ist genau umgekehrt: als static markierte Funktionen können nur von der aktuellen Übersetzungseinheit aus aufgerufen werden, entsprechend kann man sie ggf. auch ohne LTO wegoptimieren. Das Problem sind Funktionen, die nicht static sind.