> dass mit zunehmender Länge des Videos die Tonspur immer asynchroner wird, je nach Länge bis zu 10, 15 Sekunden am Ende!

Das ist das typische Synchroproblem von Avidemux bei TS Stream Quelldateien.

Avidemux konnte bisher das überschüssige Zeug, das in TS Steam drin war und für PS Streams zum Schneiden unnötigt ist, nicht rausrechnen.
Dafür brauchst du ProjektX und zum zusammenfügen (unter Linux) mplex, damit funktioniert es.

http://project-x.sourceforge.net/