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Di, 27. August 2013, 08:53

Gemeinschaft

OpenBEL wird Gemeinschaftsprojekt der Linux Foundation

OpenBEL, eine Plattform für das Aufzeichnen, Speichern und Nutzen von biowissenschaftlichen Daten, ist nun ein Gemeinschaftsprojekt der Linux Foundation.

Linux Foundation

OpenBEL ist ein freies Projekt, das das Aufzeichnen, Speichern und Nutzen von biowissenschaftlichen Daten ermöglicht. Die Daten werden in der Biological Expression Language (BEL) dargestellt. OpenBEL besteht aus mehreren Komponenten. So stellt beispielsweise das OpenBEL Framework Mechanismen zum Aufzeichnen von Wissen, Integrieren von Wissen aus unterschiedlichen Quellen, Speichern in einem standardisierten und offenen Format, Erzeugen von angepassten, berechenbaren biologischen Netzen aus dem gesammelten Wissen und Abfragen der Wissensnetze mit Web- und Java-APIs bereit. Zur Visualisierung von Daten kann Cytoscape eingesetzt werden.

OpenBEL wurde von seinen Entwicklern von der Firma Selventa vor einem Jahr erstmals als freie Software veröffentlicht und jetzt unter die Apache-Lizenz 2.0 gestellt. Das Projekt hat bereits mehr als zehn Jahre Entwicklung hinter sich. Seit der Öffnung hat es sich nach Angaben der Linux Foundation auf zahlreiche Firmen und Forschungseinrichtungen ausgebreitet, darunter AstraZeneca, das Fraunhofer-Institut, Harvard Medical School, Novartis, Pfizer und die Universität von Kalifornien in San Diego. Zudem tritt die mit Krebsforschung befasste Foundation Medicine dem OpenBEL-Projekt bei. Die technische Leitung von OpenBEL liegt zur Zeit bei Professor Dr. Martin Hofmann-Apitius, Leiter der Abteilung Bioinformatik am Fraunhofer-Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen (SCAI) in Sankt Augustin.

OpenBEL findet demnach breiten Konsens und Akzeptanz in der ganzen Industrie. Das macht es zu einem idealen Kandidaten, ein gemeinschaftliches Entwicklungsmodell zu verfolgen, analog zum Linux-Kernel, wo alle Interessenten ihre Kenntnisse und Anforderungen einbringen. So wird nun auch OpenBEL zu einem Gemeinschaftsprojekt der Linux Foundation. Die Linux Foundation, das Industriekonsortium zur Förderung der Entwicklung und Verbreitung von Linux, stellt die Infrastruktur für das Projekt zur Verfügung. So können sich die Entwickler von OpenBEL ganz auf die Entwicklung konzentrieren, mit dem Ziel, dass OpenBEL medizinische und wissenschaftliche Durchbrüche ermöglicht.

Die Arbeit an gemeinsamen Zielen in einem offenen Projekt ist für alle Beteiligten von Vorteil, selbst wenn sie eigentlich Konkurrenten sind. Sie können auf vorhandenen Code aufbauen, statt alles immer wieder von Grund auf neu entwickeln zu müssen, was zu offensichtlichen Einsparungen führt. Das gemeinschaftliche Produkt ist funktionsreicher, stabiler und sicherer als proprietärer Code und kann durch eigene Dienste und Erweiterungen erweitert werden, um damit Geld zu verdienen. Dies wird von einer wachsenden Anzahl von Projekten unter dem Dach der Linux Foundation genutzt. Erst im April war der Hypervisor Xen hinzugekommen. Neu kamen in diesem Jahr auch OpenDaylight, das eine freie »Software-Defined Networking«-Plattform schaffen will, und OpenMAMA, eine freie Nachrichten-Middleware, hinzu, womit die Linux Foundation jetzt insgesamt neun Gemeinschaftsprojekte plus den Linux-Kernel beherbergt.

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