Die .desktop-Dateien können sinnvoller Weise nur in drei Verzeichnissen liegen:
/usr/share/applications, /usr/local/share/applications oder ~/.local/share/applications

Zu Testzwecken fände ich eine direkte Ausführbarkeit aus Nautilus bequem, die Hauptaufgabe von Nautilus ist jedoch den Anwender in diesen Verzeichnissen die Dateien anlegen, ändern oder löschen zu lassen.