Das dürfte eher an Wayland liegen - unter GNOME ist es genauso, dass davon abgerückt wird grafische Anwendungen als root zu starten, weil Wayland das aus Sicherheitsgründen nicht erlaubt. Stattdessen können Anwendungen per PolicyKit ihre Privilegien anfordern.

Nautilus und gedit kennen z.B die admin:/// URL, dann kannst du Dateien als root bearbeiten oder löschen, ohne die Programme direkt als root zu starten. Das hat auch den Vorteil, dass die Programme dein Benutzerprofil nutzen und nicht das von root.