Auch wenn Java nicht wirklich OpenSource ist, hat Sun bisher eine sehr liberale Haltung gegenüber JavaOnLinux gezeigt.

Wenn ich eine plattformunabhängige Software schreiben will, und so etwas wie Binär-Code-Portabilität (kein
Übersetzen ist notwendig, und ja, die meisten Anwender wollen nicht kompilieren) ist Java das Mittel der Wahl.
Ich benutze z.B. liebend gerne NetBeans und LimeWire unte Linux.

Übrigens, prinzipiell sollte in der Linux-Welt auch kommerzielle Software seine Berechtigung haben.