Die Konfigurationsfrage bei Gentoo ist wie unter Linux leider üblich ungelöst.
Bspw. etc-update: entweder es fragt für jedes Überschreiben einer Konfigurationsdatei nach oder überschreibt mit falschen Settings die alten Einstellungen. Gerade mal wieder /etc/fstab vernichtet. Das so was geht, verwundert einen dann schon. Aber emerge ist halt dann auch alles andere als ausgereift.
Es ist halt das alte Lied: mit unstrukturierten Konfigurationsdateien hat man keine Zukunft mehr, weil eine automatisierte Bearbeitung schwierig und daher praktisch verweigert wird.