Versuch es doch mal mit der -Sx option. Nach x(*5) Sekunden inaktivität schaltet die Platte wieder in den Standby Modus.
Sinnvoll natürlich nur bei Festplatten, die nicht ständig gebraucht werden. Sollten also auch nicht bei booten automatisch eingebunden werden.
Bei der -Y Option kann es wie du beschrieben hast zu Problemen kommen. Würde daher eher die -y Option verwenden.