Eignetlich konfiguriert sich der XOrg-Server über die /etc/X11/xorg.conf und greift nur subsidiär auf eine XF86Config (wenn ne xorg.conf fehlt). Dabei hat die /etc/X11/XF86Config-4 meines Wissens gegenüber anderen config-dateien den Vorrang. Wenn Du nun also ne "manuelle" Konfiguration mittels xfconfig oder so gemacht hast und später noch mit drakconf nachgebessert hast, könnte es sein, dass Du jetzt verschiedene Conf-Files in /etc/X11 hast. Schau das mal nach.

Grüsse Minimec