Meistens passiert es wahrscheinlich folgendermaßen:

Programmierer nimmt GPL-Code und baut daraus eine Custom-Anwendung. Wenn es gut geht, gibt er die Anwendung beim Arbeitgeber ab, mit einem Hinweis auf die GPL, ansonsten gibt er einfach den gesamten Source-Code kommentarlos an den Arbeitgeber weiter.
Der Arbeitgeber aber liest die Lizenz nicht, sondern glaubt, mit der Bezahlung des Programmierers seine Pflichten alle erfüllt zu haben (was bei proprietären Lizenzen ja auch der Fall wäre).

Dann bringt er sein Produkt auf den Markt, und ist erst einmal höchst erstaunt, wenn sich ein paar völlig Unbekannte melden mit der Aussage "ihr habt unseren Code verwendet, wo bekommen wir euren Quellcode". Diese Aussage wird erst ernst genommen, wenn die Gerichte eingeschaltet werden. Es kommt erst dann das böse Erwachen, wenn der eigene Anwalt sich mit der Materie beschäftigt und feststellt, dass sie tatsächlich eine Lizenz verletzen.

Nachdem das Erfüllen der Lizenz nicht wirklich viel kostet (die Custom-Anwendung kann ja ohnehin kein Anderer ungeändert übernehmen), stellen sie eben den Source-Code auf einen Server (den sie ja ohnehin betreiben).