die dpkg Lösung existiert schon seit mehr als 10 Jahren, aber auch aptitude kann das ganze, nur noch etwas besser. Ein paar Hints:

# aptitude search "~i \!~M" -F %p >/tmp/manual_installed_pkt.list
# aptitude install $(< /tmp/manual_installed_pkt.list)

auch noch interessant:

# aptitude markauto $PKGLIST
# aptitude unmarkauto $PKGLIST

Überhaupt sind die Suchparameter von aptitude ziemlich genial, wenn vermutlich auch nicht so oft genutzt.