Bevorzugt ist schwierig. Ich nutze normalerweise einige verschiedene.
VFAT auf Sticks und dergleichen, sonst kriegt man sie leider nirgends woanders gelesen.
Für W32 NTFS, was soll man schon machen.
Für die winzige /boot-Partition meist noch ext2
Ansonsten reiser3.6 für / weil ich da viel Kleinkrams draufhabe
und /home seit noch nicht allzu langer Zeit ext4. Vorher auch reiser3.6
Später vielleicht mal btrfs.
An XFS trau ich mich nicht ran und so rieseige files habe ich auch nicht.
JFS hatte ich mal probiert, aber da wollten die fstools nicht so richtig, das war mir dann nix.
aufs habe ich auf irgendeiner Karte für ein ARM-Netbok mal draufgehabt
Und im Kernel habe ich als Module sowieso noch ein paar andere mit denen man vielleicht (oder öfters)mal in Berührung kommt (iso9660, UDF, cramfs,...).
Und fuse (darüber äuft ntfs-3g).