Man muss nicht gleich ein ganzes Linux auf FAT 32 zum laufen bringen. Die meisten Linux-Bootloader können so konfiguriert werden, dass ein EXT-ISO-Image, welches sich auf einer beliebigen Partition befindet, als Linux-Root-Partition mit allem drum und dran genutzt werden kann.
Die meistgenutzte und einfachste Variante ist eine Lösung mit Syslinux.