AppArmor stellt, wie auch SELinux, ein System zur Eindringlingsabwehr dar. Die Software wurde mit der Zielsetzung konzipiert, sowohl das Linux-Betriebssystem als auch die Linux-Anwendungen vor externen Angriffen, Viren und anderen Schadprogrammen zu schützen. Dadurch sollte das Bedrohungspotenzial für Unternehmen minimiert werden. AppArmor verhindert unter anderem durch definierte Regeln, genannt »Profile«, für populäre Programme die Ausführung bestimmter Funktionen.
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