BLAST ist eine Sammlung von Programmen, die Ähnlichkeiten in Genomen suchen. Sie durchsuchen alle verfügbaren Sequenz-Datenbanken, wobei die Abfrage ein Protein oder DNA sein kann. Der verwendete Algorithmus ist heuristisch und sucht lokale statt globale Entsprechungen. Er kann daher Beziehungen entdecken, die nur isolierte Regionen von Ähnlichkeit haben. Es kann in privaten Datenbanken ebenso suchen wie in heruntergeladenen Kopien der NCBI-Datenbanken.
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