Zeobuilder ist ein benutzerfreundliches GUI-Toolkit zur Konstruktion von fortgeschrittenen molekularen Modellen. Es ist mit einem Plugin-Framework erweiterbar und enthält mehrere fortgeschrittene Tools zum Erzeugen, Ausrichten, Bearbeiten und Analysieren von molekularen Strukturen. Es beschreibt ein molekulares Modell mit einer hierarchischen Datenstruktur von Referenzrahmen. Dies ermöglicht Operationen auf Modellen auf verschiedenen Detail-Ebenen. (non)