Cain führt stochastische und deterministische Simulationen von chemischen Reaktionen durch. Es kann mehrere Simulationsprozesse starten, um mehrere Prozessoren zu nutzen. Es speichert Modelle, Simulationsparameter und Simulationsergebnisse (Populationen und Reaktionszahlen) in einem XML-Format. Ferner können SBML-Modelle importiert und exportiert werden. Die Modelle und Simulationsparameter können aus Eingabedateien gelesen oder im Programm editiert werden. Die Gleichungslöser sind als Kommandozeilenprogramme implementiert, was es einfach macht, Batch-Jobs zu starten, und das Hinzufügen von neuen Gleichungslösern vereinfacht. Zu den Gleichungslösern gehören Gillespies direkte Methode, Gillespies Erste-Reaktion-Methode, Die Nächste-Reaktion-Methode von Gibson und Bruck, Tau-Leaping und Hybrides Direktes/Tau-Leaping. (non)