Shepherd Project ist ein Software-Framework, das Capture-Mark-Recapture (CMR)-Studien unterstützt. CMR, das Einfangen und Markieren von Tieren, ist eine Kerntechnik in der Analyse und Hege von Populationen von Wildtieren. Das Programm bevorzugt das nicht-invasive »virtuelle Markieren« (z.B. Identifikation auf Fotos über äußerliche Merkmale anstelle von physischen Marken), um sowohl die Tiere als auch die Forscher in Populationsstudien zu schützen. Das Ziel ist es, Forschern bei der Erfassung und Verwaltung von CMR-Daten zu helfen, damit sie die Tierpopulationen besser verstehen und hegen können. Es wird am besten als öffentliche Webseite genutzt, auf der die Mitglieder zusammenarbeiten und die Daten analysieren können. Zugleich kann die Öffentlichkeit die Daten erweitern, indem sie sie über Formulare eingibt. (non)