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  VPLG

Visualization of Protein Ligand Graphs (VPLG) verwendet ein auf Graphen beruhendes Modell, um die Struktur von Proteinen auf der super-sekundären Strukturebene zu beschreiben. Ein Protein-Liganden-Graph wird aus den Atomkoordinaten in einer PDB-Datei und die Zuweisungen der sekundären Strukturebene mit dem DSSP-Algorithmus berechnet. In diesem Graphen repräsentieren die Knoten sekundäre Strukturelemente (SSEs, meist Alpha-Helices und Beta-Stränge) oder Liganden-Moleküle, während die Kanten die Kontakte und relative Orientierungen zwischen ihnen modellieren. Die Graphen können visualisiert, in eine Datenbank geschrieben und als Textdatei gespeichert werden.

Details findet man in Schäfer, T., May, P., and Koch, I. (2012). Computation and Visualization of Protein Topology Graphs Including Ligand Information. In German Conference on Bioinformatics 2012, volume 26 of OpenAccess Series in Informatics (OASIcs), pages 108–118, Dagstuhl, Germany. Leibniz-Zentrum für Informatik. (non)


 

Homepage: http://sourceforge.net/projects/vplg/
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Lizenz: GNU General Public License Version 2
Kategorie: X11
 
 

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2012-10-26  2012_10_11  Betaversion  mehr...  
 
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