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  mpiBLAST

mpiBLAST ist eine dank MPI parallele Implementation von NCBI BLAST. Es besteht aus einem Paar von Programmen, die formatdb und blastall mit Versionen ersetzen, die BLAST-Jobs auf einem Cluster von Rechnern mit MPI parallel ausführen. Der Einsatz von mpiBLAST hat zwei wesentliche Vorteile gegenüber dem traditionellen BLAST. Erstens verteilt mpiBLAST die Datenbank über alle Clusterknoten. Da das Datenbanksegment jedes Knotens kleiner ist, paßt es üblicherweise in den Dateisystem-Cache, was die Zugriffe durch den Wegfall von Festplatten-Zugriffen wesentlich beschleuningt. Zweitens erlaubt es BLAST-Anwendern, effiziente, preisgünstige Beowulf-Custer einzusetzen, weil wenig Kommunikation zwischen den Prozessoren benötigt wird. mpiBLAST kann sogar mehr als lineare Performance-Zuwächse erzielen, wenn die Datenbank zu groß ist, um ins RAM zu passen, und ansonsten annähernd lineare Performance-Zuwächse. Es benötigt keinen dedizierten Cluster. (hjb)


 

Homepage: http://www.mpiblast.org/
Rating:
Lizenz: GNU General Public License Version 2 oder neuer
Kategorie: Konsole

Download:
http://www.mpiblast.org/Downloads/Stable
ChangeLog:
http://mpiblast.lanl.gov/ChangeLog
Mailinglist:
http://www.mpiblast.org/Support/Lists 
 

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