PerlPrimer ist ein GUI-Programm, das Primer für Standard-PCR, Bisulfit-PCR Echtzeit-PCR (QPCR) und Sequenzierung entwirft. Es versucht, den Prozess des Primer-Designs zu automatisieren und zu vereinfachen. Features sind unter anderem Berechnung von möglichen Primer-Dimers, Holen von Genom- oder CDNA-Sequenzen von Ensembl (für QPCR automatisch beide Sequenzen), die Fähigkeit, mit einer BLAST-Suche auf dem NCBI-Server nach Primern zu suchen, ORF- und CpG-Inselerkennungs-Algorithmen, die Fähigkeit, Klon-Sequenzen zu Primern hinzuzufügen, automatisch angepaßt, um im Frame zu liegen, und QPCR-Primer-Design ohne manuelle Eingabe der intron-exon-Grenze. (hjb)