PHPXref ist ein Perl-Skript, dass eine Kreuzreferenz von Klassen, Funktionen, Variablen und SQL-Tabellen aufstellt, die auf einer PHP-basierten Webseite verwendet werden, und eine einfache HTML-Ausgabe generiert, die das Browsen im Code einfach macht. Zusätzlich kann es Kommentare im phpdoc-Stil von den PHP-Dateien extrahieren, um durchstöberbare Dokumentation bereitzustellen. (non)