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Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

 
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quetzal
Gast





BeitragVerfasst am: 06. Okt 2002 2:50   Titel: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

Hallo für alle die es noch nicht kennen:

Folding@Home
http://folding.stanford.edu/

Das ist ein Projekt zur Erforschung der faltung der Proteine, mit der unter anderem Alzheimer,Krebs.... erforscht werden soll.

Da ja die meisten Seti@Home kennen werden, wollte ich nur mal eben auf ein etwas "ernsteres" Projekt hinweisen.

Die Ergebnisse werden nicht komerziell genutzt, ist auch in der FAQ zu lesen.


Selbst Google "faltet" mit:
http://www.heise.de/newsticker/data/cgl-04.03.02-001/


Ist allerdings für Statistik-Fanatiker nicht besonders geeignet, vor dem eigentlichen download einer Unit wird der Prozessor "ge-benchmarkt" je nach geschwindigkeit bekommt man ein unterschiedlich großes bzw. schwierig zu rechnendes Protein.

Ich hab es hier seit ein paar Tagen am laufen und hab überhaupt keine Probleme damit (schlechte reaktionszeit...)

Danke für euere mithilfe!!

MfG
 

quetzal
Gast





BeitragVerfasst am: 06. Okt 2002 3:05   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

Noch ein Hinweiß:

Es gibt aber in der "STATS" eine Punkt mit "Credit" der anscheinend einem Punke-System gleichkommt.
Also hat man mit einer schnelleren CPU auch "gewonnen".

MfG
 

quetzal
Gast





BeitragVerfasst am: 16. Okt 2002 9:49   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

Dazu gibt es auch ein nettes Forum:

http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewforum.php?f=7

*nachobenschieb* :)


Gruß,
quetzal
 

Carsten
Gast





BeitragVerfasst am: 16. Okt 2002 11:51   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

Ganz toll, beim Download des Linux-Clients bekommt man eine .exe angeboten
 

marc



Anmeldungsdatum: 20.04.2001
Beiträge: 444
Wohnort: Arnsberg

BeitragVerfasst am: 16. Okt 2002 13:25   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

Hi.

> Ganz toll, beim Download des Linux-Clients bekommt man eine .exe angeboten

Die Endung spielt keine Rolle. Steht auch auf der Seite. Einfach mit chmod +x ausführbar machen und es läuft.

Im Übrigen finde ich es schade, daß es sich um ein proprietäres Programm handelt. :(

Gruß
Marc
 
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quetzal
Gast





BeitragVerfasst am: 16. Okt 2002 13:47   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen



Im Übrigen finde ich es schade, daß es sich um ein proprietäres Programm handelt. Sad



Das problem ist einfach das hinter dem ganzen ein beträchtlicher Forschungs-aufwand steckt. Es geht hier primär darum die Forschung an sich zu schützen, anstatt die quellen des Programms.

Stell dir einfach nur mal vor die Quellen sind offen und Bayer & Co. könnten daraus wertvolle Informationen gewinnen und dann den dicken Reibach machen. Das wäre sicher nicht im sinne der Erfinder.

Außerdem arbeiten die Leute von Stanford gerade an einer OpenSource Version - ist aber aus den oben genannten Gründen nicht einfach - wird also noch ein bisschen dauern.


PS:
Deutschland ist auch mit einem Team vertreten: Team Nr. 3 - Platz 20!!
Also bitte wenns geht einfach als Team Nr. 3 angeben.
Ihr werdet natürlich alle seperat aufgelistet.
Das Problem ist auch, daß wenn man als "einzel Kämpfer" arbeitet werden einem die WU's von Genome@Home nicht berechnet (bzw. werden auf der extra Seite von Genome@Home gelistet, bei gah.stanford.edu). Wenn man allerdings in einem Team ist schon.

Wenn man "FAH3Console-Linux.exe -config" ausführt kann man einige Sachen konfigurieren u.a. den Benutzernamen,TeamNr. wichtig ist dabei das man die "advanced options" mitnimmt - dort kann man nämlich entscheiden bei welchem Projekt man mehr tun möchte, also entweder Folding@Home oder Genome@Home.

Ich persöhnlich (so wie viele andere auch) mache bei Folding@Home mit.

Die Frage ist ziemlich am Ende und lautet etwa so:
"Change advanced options [no] (yes/no)?"

Dort einfach mit y beantworten, dann sollte eine solche Frage kommen:
"Core Type [no-pref] (no-pref/fah/gah)?"

Eben hier ist es wichtig zu sagen: fah


Hier noch eine Seite mit Statistiken:
http://www.statsman.org/folding2stats/html/

dort einfach mal auf Germany klicken - schon sieht man die Mitglieder mit ihren stats.


Viel spass beim Crunchen!!

Gruß,
quetzal
 

marc



Anmeldungsdatum: 20.04.2001
Beiträge: 444
Wohnort: Arnsberg

BeitragVerfasst am: 16. Okt 2002 14:19   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

Hi.

> Das problem ist einfach das hinter dem ganzen ein beträchtlicher Forschungs-aufwand steckt. Es geht hier primär darum die Forschung an sich zu schützen, anstatt die quellen des Programms.

Es handelt sich doch um ein Projekt von einer öffentlichen Uni. Die Stanford University wird doch durch z.T. durch staatliche Gelder finanziert, oder nicht? Warum soll dann die Öffentlichkeit kein Recht haben, an diese Informationen zu kommen?
Im übrigen meine ich gelesen zu haben, daß die Forschungsergebnisse doch sowieso veröffentlicht werden.

> Stell dir einfach nur mal vor die Quellen sind offen und Bayer & Co. könnten daraus wertvolle Informationen gewinnen und dann den dicken Reibach machen. Das wäre sicher nicht im sinne der Erfinder.

Security by Obscurity funktioniert nicht! Wer wirklich an die Informationen kommen will, der schafft das auch. Notfalls wird die Software eben disassembliert oder ähnliches.
Ähnliche Argumente gab es auch von den distributed.net-Leuten. Die Argumente sind aber haltlos. Siehe auch: koeln.ccc.de/artikel/rc5desevil.html

Gruß
Marc
 
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Bob Gomorrha
Gast





BeitragVerfasst am: 16. Okt 2002 14:51   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

@Marc

Die Stanford ist eine US-Uni. Die werden fast ausschließlich, wenn nicht zu Gänze von privaten Geldgebern finanziert. In diesem Fall ist es ziemlich sicher ein entsprechend dotierter Forschungsauftrag.

<Wer wirklich an die Informationen kommen will, der schafft das auch.>

Wer in mein Haus will, schafft das auch - dennoch sperr ich zu, wenn ich es verlasse. Soll heissen: man muss ja nicht gleich den roten Teppich auslegen.

<Im übrigen meine ich gelesen zu haben, daß die Forschungsergebnisse doch sowieso veröffentlicht werden.>

Freilich, aber zuvor lässt es der Auftraggeber patentieren.

Im übrigen denk ich, daß ja nicht jeder Schmarrn Open Source sein MUSS. Speziell bei diesem Programm musst Du wahrscheinlich einige Jahre Proteine studieren müssen, um die Algorithmen zu verstehen und Deinen Programmierstil/technik wird es sicher nicht in diesem Ausmass bereichern.

So far

bg
 

quetzal
Gast





BeitragVerfasst am: 16. Okt 2002 15:05   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen



Es handelt sich doch um ein Projekt von einer öffentlichen Uni. Die Stanford University wird doch durch z.T. durch staatliche Gelder finanziert, oder nicht? Warum soll dann die Öffentlichkeit kein Recht haben, an diese Informationen zu kommen?
Im übrigen meine ich gelesen zu haben, daß die Forschungsergebnisse doch sowieso veröffentlicht werden.



Natürlich kommen die Forschungs-Ergenisse der Öffentlichkeit
zu - aber deshalb müssen sie doch nicht den ganzen Profit-geilen Firmen erzählen wie es geht - oder? Währe ja noch schöner wenn die ganzen staatlich geförderten Forschungseinrichtungen den großen Profit süchtigen Firmen erzählen würden wie man zu diesem oder jenem Ergebniss kommen würde.

Das man irgendwie an diese Info's auch anderes rankommt ist klar - aber muss man es denn den Leuten wirklich auf einem presentier Teller servieren??

PS: danke für den Artikel - ist wirklich aufschlussreich :)

Gruß,
quetzal
 

Michael
Gast





BeitragVerfasst am: 16. Okt 2002 16:20   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

Die Algorithmen zum Falten von Molekuelen sind doch kein Geheimnis. Das besondere an dem Projekt ist doch das verteilte Rechnen auf vielen tausend PC's, um die Kosten fuer Superrechner zu vermeiden. Und dabei steckt der Grossteil des Know-How's sicher auch nicht in den Clients, die sich jeder auf den Rechner laedt.

Ich denke eher, es soll die Manipulation der berechneten Ergebnisse erschwert werden. Man stelle sich vor, jeder bastelt am Code rum und uebertraegt dann (mit Absicht oder auch nicht) falsche Berechnungsergebnisse...
 

quetzal
Gast





BeitragVerfasst am: 16. Okt 2002 16:31   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

Ok, nehm alles zurück, hab nochmal die FAQ gelesen da stehts ja auch drinnen (was Michael eben schon sagte). : )


Trotzdem fröhliches falten.

Gruß,
quetzal
 

marc



Anmeldungsdatum: 20.04.2001
Beiträge: 444
Wohnort: Arnsberg

BeitragVerfasst am: 16. Okt 2002 18:48   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

Nabend.

@Bob
> Die Stanford ist eine US-Uni. Die werden fast ausschließlich, wenn nicht zu Gänze von privaten Geldgebern finanziert.

Ok, das wußte ich nicht.

> Wer in mein Haus will, schafft das auch - dennoch sperr ich zu, wenn ich es verlasse.

Ich verstehe, worauf Du hinauswillst, aber das hat nichts mit "Security by Obscurity" zu tun. Ein passenderer Vergleich wäre, wenn Du alle Fenster mit Gardinen behängst, damit keiner reinschauen kann, und ein Schild an der Haustür anbringst mit der Aufschrift "Hier gibt's nichts zu holen".

> Freilich, aber zuvor lässt es der Auftraggeber patentieren.

Ich warte noch auf den Tag, an dem Schüler/Studenten Lizenzgebühren zahlen müssen, wenn sie zur Schule/Uni gehen, weil der komplette Lehrstoff von ein paar großen Firmen patentiert wurde...

Btw, es handelt sich hier doch um Proteine, Gene, usw. Läßt sich so etwas überhaupt patentieren? Da gab es in der letzten Zeit doch Diskussionen drum (die ich allerdings leider nicht weiter verfolgt habe), oder bezog sich das nur auf europäisches Patentrecht?

> Im übrigen denk ich, daß ja nicht jeder Schmarrn Open Source sein MUSS.

<Spitzfindigkeits-Modus>
Das habe ich auch nicht gefordert. Wink
</Spitzfindigkeits-Modus>

> Speziell bei diesem Programm musst Du wahrscheinlich einige Jahre Proteine studieren müssen, um die Algorithmen zu verstehen und Deinen Programmierstil/technik wird es sicher nicht in diesem Ausmass bereichern.

Das mag durchaus sein, aber darum geht es mir in diesem Fall nicht. Vielleicht gibt es andere Leute, die damit mehr anfangen könnten.
Desweiteren kann man sich z.B. nicht sicher sein, ob das Programm wirklich nur die Daten verschickt, die es verschicken soll, usw.

@quetzal
> Natürlich kommen die Forschungs-Ergenisse der Öffentlichkeit zu - aber deshalb müssen sie doch nicht den ganzen Profit-geilen Firmen erzählen wie es geht - oder?

Da stellt sich mir jetzt die Frage, wer von Euch beiden recht hat. Ist das jetzt ein staatlich gefördertes Projekt zum Wohle der Allgemeinheit, oder ein privat gesponsortes Projekt zum Wohle der eigenen Brieftasche? Wenn da jemand genauere Infos zu hat, dann her damit.

@Michael
> Ich denke eher, es soll die Manipulation der berechneten Ergebnisse erschwert werden. Man stelle sich vor, jeder bastelt am Code rum und uebertraegt dann (mit Absicht oder auch nicht) falsche Berechnungsergebnisse...

Das ist die gleiche Argumentation, die die distributed.net-Leute vorgebracht haben. Trotzdem gibt es Patches, die die Clients modifizieren. (Siehe obigen Link)
Das ganze mal von der anderen Seite betrachtet: Man stelle sich vor, in dem Client ist ein schwerwiegender Bug, den die Entwickler nicht entdeckt haben. Würde es sich um Freie Software handeln, wäre die Chance größer, das der Bug entdeckt wird.

Gruß
Marc
 
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marc



Anmeldungsdatum: 20.04.2001
Beiträge: 444
Wohnort: Arnsberg

BeitragVerfasst am: 16. Okt 2002 18:54   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

Ich antworte mir mal selber:

> Da stellt sich mir jetzt die Frage, wer von Euch beiden recht hat. Ist das jetzt ein staatlich gefördertes Projekt zum Wohle der Allgemeinheit, oder ein privat gesponsortes Projekt zum Wohle der eigenen Brieftasche? Wenn da jemand genauere Infos zu hat, dann her damit.

Hab die FAQ gefunden. *ähem*
Es stehen demnach also keine privaten und kommerziellen Interessen hinter dem Projekt.

Gruß
Marc
 
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Michael
Gast





BeitragVerfasst am: 16. Okt 2002 19:17   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

Ich habe auch nicht gesagt, dass so ein Programm unter allen Umstaenden Closed Source sein muss. Aber wenn es Open Source waere (und auch wenn nicht), wuerde ich als Projektleiter sehr genau ueberlegen, wie ich Manipulationen am eigentlichen Berechnungsalgorithmus verhindern kann. Vielleicht koennte man ja eine zufallsmaessig generierte kurze Testberechnung mitschicken, und das Ergebnis, das nur Server kennt, mit den vom Client errechneten Daten vergleichen (oder so in der Art).
 

marc



Anmeldungsdatum: 20.04.2001
Beiträge: 444
Wohnort: Arnsberg

BeitragVerfasst am: 16. Okt 2002 19:40   Titel: Re: Folding@Home - hilfe bei der Erforschung von Proteinen

Nabend.

@Michael
Dem kann ich nur zustimmen. Bei verteilten Systemen sollte man sowieso generell eine Möglichkeit zur Überprüfung der versendeten Daten einbauen. Es ist ja auch durchaus möglich, daß die Daten z.B. nicht durch absichtliche Manipulation, sondern durch Übertragungsfehler verfälscht werden.
Soweit ich weiß wurden beim distributed.net-Projekt deswegen die Keys zum Teil auch mehrfach verschickt, um auf diese Weise eine gewisse Redundanz zu erhalten.

Gruß
Marc
 
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