Software ist angewandte Mathematik, somit ist das einzig Innovative daran die automatische Ausführung mathematischer Algorithmen. Nirgends wird dabei etwas neues erfunden, es werden lediglich Algorithmen die GEfunden wurden in einer Maschine abgearbeitet.
Sonst könnte man sich ja eine Mathematische Gleichung die man entdeckt hat ebenso patentieren lassen wie einen Algorithmus. Das würde aber das Ende der Mathematischen Forschung bedeuten.

Software sollte maximal Bestandteil eines Patents sein das einer Hardware neue physikalische Eigenschaften verleiht (z.B. ABS Bremse). Ein Computer auf dem ein neues Programm ausgeführt wird hat ja keine neuen physikalischen Eigenschaften, sondern nur neue logische Eigenschaften. Dort sollte die Trennlinie gezogen werden.

Abgesehen davon bräuchte es eine Gebührenreform. Wenn ein Patentantrag abgelehnt wird, sollte das teurer sein, als wenn dieser Patentantrag angenommen wird. Das würde die Antragsteller zu genauerer Recherche des "State of the Art" bewegen, und die Patentämter hätten keinen finanziellen Anreiz möglichst viel Patentanträge zu akzeptieren.