Und wenn du dich auf die MS-libs verlässt bist du an deren OS gebunden.
Wo ist das Problem, wenn der Rest der Anwendung auch nicht plattformunabhängig ist?

Wenn du dich auf libgtkembedmoz verlässt, bist du der Mozilla Corp ausgeliefert, da diese keine Gewähr für eine stabile API/ABI übernimmt. Kann also sein, dass nach einem XULRunner-Update die Anwendung nicht mehr funktioniert. Es ist noch gar nicht so lange her, dass Eclipse unter Linux auf Grund eines XULRunner-Updates nicht mehr lief. Man musste die Verbindung von SWT und Mozilla entfernen, also auf den eingebauten Browser verzichten.