Zu Peer-to-Peer ein Zitat aus Wikipedia: "Die Struktur von Skype ist im Rahmen des Peer-to-Peer-Netzes (FastTrack) teilweise dezentral, beispielsweise das Telefonbuch. Die Authentifizierung und das Abrechnen hingegen erfolgen über einen zentralen Rechner."
Damit reicht es, wenn die Authentifizierung am zentralen Rechner so geändert wird, dass der Open-Source-Client ausgeschlossen wird. Dass der Rest über Peer-to-Peer läuft ist damit nebensächlich.

Weiter hat Skype die Möglichkeit automatische zwingende Aktualisierungen einzuführen. Bisher war dafür ja keine Notwendigkeit.