Nein, sie ersetzen es durch einen IL2CPP Compiler. Dieser kompiliert den IL-Code zu C++. IL-Code ist eben der Bytecode. Ansonsten werden weiterhin Mono Compiler genauso wie alle .Net Bibliotheken weiter laufen. Sie ersetzen damit also die VM, das Mono Userland bleibt aber.

Ansonsten gilt diese umstellung ersteinmal nur für Unity 5 und dort auch nur für WebGL.