Es kann durchaus Programme geben, die auf einen gewissen Desktop angewiesen sind, nur trifft das halt nur auf sehr wenige zu.

Habe gerade versucht dein Problem mit den Dateimanagern nachzuvollziehen.
Als Test liefen daher gerade KDE's Dolphin, LXDE's PCManFM, LXQt's PCManFM-Qt und XFCE's Thunar.

Egal wo man einen USB Stick unmounted, er verschwindet in allen.
Egal wo man ihn mounted, er ist in allen verfügbar.
Selbst mount/unmount über das Plasma Applet geht einwandfrei.

System hier ist ein Debian Unstable, laufender Desktop eben Plasma 5.
Unter welcher Distribution hast du das Problem?