Sicherheit geht vor.

Die Wayland Devs machen es daher richtig.
Die Wine Entwickler müssen sich halt anpassen.

Ein transparenter virtueller Desktop kann das Problem lösen.
Der kann eine Anfrage über den Compositor an Wayland stellen, eine Zeichenebene darzustellen und alle Wine Programme können sich dann relativ innerhalb dieser Zeichenebene, also des transparente virtuelle Desktop so positionieren, wie sie es brauchen.

Jetzt müsste man es nur noch hinkriegen, dass da, wo dieser virtuelle Desktop transparent ist, den Mausfokus nicht Wine bekommt, sondern die Wayland Anwendung dahinter.