Ich hatte in der Vergangenheit ebenfalls stetig Probleme mit Nautilus und sogar Datenverlust nach Abstürzen des Filebrowsers, bei Verschiebevorgängen (Cut -> Paste). Extrem langsam war das Kopieren auch. Die Probleme liegen womoeglich in GIO.
Seither bevorzuge ich für das kopieren und verschieben grosser und/oder vieler Dateien lieber Konsolenbefehle (cp, scp, rsync). Mit denen hatte ich noch nie Probleme und jeder dieser Befehle ist wesentlich schneller als Nautilus.