Warum kann dann nicht noch eine SSD in den dritten M.2 Slot eingebaut werden, wenn das WLAN Modul abgewählt wird?

Das ist meistens durch das BIOS/UEFI beschränkt. Nicht jeder Anschluss kann jeden Typ von Karte aufnehmen - ist bei meinem (schon älteren) Rechner auch so. Er hat einen M.2 Slot, aber da kann man leider nur ein Mobilfunk-Modem dran betreiben, keine SSD.
Hat vermutlich aber auch damit zu tun, mit wie vielen PCI-Lanes ein Anschluss angebunden ist, es nützt Dir ja auch nichts, ne superschnelle SSD an einem lahmen M.2 Anschluss zu betreiben.