Bei mir geht es von Fall zu Fall. Meistens nutze ich rsync, weil es ein mächtiges Werkzeug ist, wenn man erst einmal die Syntax beherrscht. Besonders die Möglichkeit beim Kopieren auch gleich passende Zielordner ohne Extra-Kommando zu schaffen gefällt mir. Ansonsten reichen cp+mv natürlich vollkommen. Sollte aber mal sowieso ein thunar o.ä. offen sein, ziehe ich durchaus auch mit der Maus Dateien von einem Ort zum anderen.
Also, grundsätzlich rsync oder cp+mv bevorzugt aber keine dogmatische Ablehnung von graphischen Lösungen.