Das Erste bedeutet:
Ich benutze propritäre Software, möchte aber lieber freie.

Das Zweite:
Ich benutze freie Software, vermeide propritäre, wenn es aber nicht anders geht, benutze ich sie doch.

Der Unterschied: bei 1 ist bereits propritäres im Einsatz und soll durch freies ersetzt werden, beim2 ist freies im Einsatz, könnte aber durch eine propritäre ersetzt werden, falls diese die Anforderungen besser genügt.

Ist also nicht das Gleiche, sondern das Gegenteil.