Das kommt daher, weil der Nvidia-Installer auf allen Linux-Plattformen funktionieren soll.
Nvidia kann sich dabei nicht danach richten, wo nun Fedora, openSUSE, Ubuntu und Debian gerade ihre Xorg- und Mesadateien individuell hinschieben und wie sie sie benennen bzw. welche Xorg- und Mesa-/GLX-Versionen sie gerade installiert haben.

Was bei der Installation geschieht, wird im nvidia-installer.log hinterlegt. Unter /usr/lib/nvidia sollte man Backups der überschriebenen Dateien finden.